SAM.sh
好多的酶
PTMC
sed -i '/ANISOU/d' 5z0f-single.pdb
MD
#######################################################################
创建表面
gmx genconf -f COOH_25%_UnitCell.gro -o sam_cooh.gro -nbox 8 9 1
gmx genconf -f NH2_25%_UnitCell.gro -o sam_cooh.gro -nbox 8 9 1
sed -e '/SBM/d' sam_cooh.gro > sam
sed -n -e '/SBM/p' sam_cooh.gro > sbm
cat sam sbm > sam_cooh.gro
sed -e '/SEM/d' sam_nh2.gro.bak > sdm
sed -n -e '/SEM/p' sam_nh2.gro.bak > sem
cat sdm sem > sam_nh2.gro
######################################################################
改下CU标识
echo 1 | gmx pdb2gmx -o protein.gro -water tip3p -f -ignh
留个加墙的空0.2nm
gmx editconf -f protein.gro -d 1.2 && rm out.gro
gmx editconf -o protein.gro -d 1.2 -f md_
gmx editconf -f protein.gro -o ptw1.gro -box 7.99184 7.78626
gmx editconf -f protein.gro -o ptw1.gro -box 9.98980 8.65140
gmx editconf -f protein.gro -o ptw1.gro -box 10.98867 10.38168
g_min
g_max
蛋白调到底边
g_adj ptw1.gro ptw2.gro
gmx editconf -f ptw2.gro -o ptw2.gro -translate 0 0 -0.1
gmx solvate -cp ptw2.gro -cs spc216.gro -o ptw3.gro -p topol.top
## SAMs 负电厚度1.316nm正电厚度1.432 加0.2nm用墙
gmx editconf -f ptw3.gro -o ptw4.gro -translate 0 0 1.539 # 负电
gmx editconf -f ptw3.gro -o ptw4.gro -translate 0 0 1.652 # 正电
合并盒子
g_mer sam_nh3.gro
## 修改top，SAM268 SBM20 建立CU的键 写入AB DE.itp
## 修改top，SAM216 SBM72 建立CA,FE的键 写入AB DE.itp 492 36
# 4563 944 1 0.198 500000.0
# 4563 704 1 0.217 500000.0
# 4564 3608 1 0.191 500000.0
# 4564 3185 1 0.196 500000.0
# 4564 3257 1 0.199 500000.0
// ## 2p3x //
# 5330 1322 1 0.207 500000.0
# 5330 1636 1 0.216 500000.0
# 5330 1790 1 0.234 500000.0
# 5331 3696 1 0.204 500000.0
# 5331 3763 1 0.215 500000.0
# 5331 4204 1 0.202 500000.0
// ## 6atj //
687 4695 1 0.232 500000.0
733 4695 1 0.235 500000.0
794 4695 1 0.251 500000.0
2580 4696 1 0.239 500000.0
3434 4696 1 0.248 500000.0
3481 4696 1 0.243 500000.0
2562 4697 1 0.206 500000.0
# 582 4697 1 0.647 500000.0
# 2548 4697 1 0.611 500000.0
mkdir ion em nvt md energy energy1
update user set authentication_string=password("dingliang") where user='root';
插离子
gmx grompp -f ion.mdp -c box.gro -p topol.top -o ./ion/ions.tpr -po ./ion/ionout.mdp -maxwarn 1
gmx genion -s ./ion/ions.tpr -o ions.gro -p topol.top -np 31 -pname NA -pq 1 -nn 0 -nname CL -nq -1
gmx genion -s ./ion/ions.tpr -o ions.gro -p topol.top -np 3 -pname NA -pq 1 -nn 28 -nname CL -nq -1
# cat ions.gro surf-cooh.gro > box.gro
索引
echo -e "a S\n q" | gmx make_ndx -f ions.gro -o
a S q
ions.gro留空加0.3nm真空
g_zev ions.gro
em nvt md
g_free
gmx grompp -f em.mdp -c ions.gro -p topol.top -o ./em/em.tpr -po ./em/emout.mdp -n
gmx mdrun -v -deffnm ./em/em $logogram2
gmx grompp -f nvt.mdp -c ./em/em.gro -p topol.top -o ./nvt/nvt.tpr -po ./nvt/nvtout.mdp -n -r ./em/em.gro
gmx mdrun -v -deffnm ./nvt/nvt -cpi ./nvt/nvt.cpt $logogram
gmx grompp -f md.mdp -c ./nvt/nvt.gro -p topol.top -o ./md/md.tpr -po ./md/mdout.mdp -n -r ./nvt/nvt.gro
gmx mdrun -v -deffnm ./md/md -cpi ./md/md.cpt $logogram
===================================================================================
gmx grompp -f em.mdp -c ions.gro -p topol.top -o ./em/em.tpr -po ./em/emout.mdp -n
gmx mdrun -v -deffnm ./em/em
gmx grompp -f nvt.mdp -c ./em/em.gro -p topol.top -o ./nvt/nvt.tpr -po ./nvt/nvtout.mdp -n
gmx mdrun -v -deffnm ./nvt/nvt
# Segmentation fault 能量最小化出问题，重新跑
gmx grompp -f md.mdp -c ./nvt/nvt.gro -p topol.top -o ./md/md.tpr -po ./md/mdout.mdp -n
gmx mdrun -v -deffnm ./md/md
分析
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_1.xtc -pbc mol -ur compact
gmx rms -s md.tpr -f md_1.xtc -o rmsd.xvg -tu ns
gmx rmsf -s md.tpr -f md_1.xtc -res -o rmsf.xvg
gmx dipoles -f md.xtc -s md.tpr -o -b 0 -e 100000 -a aver.xvg -cos cosaver.xvg
gmx distance -s md.tpr -f md_1.xtc -oall -oav -tu ns -select "com of group 1 plus com of group 18"
gmx mindist -s md.tpr -f md_1.xtc -od -tu ns
# 低版本不支持指定单位 归一化用不上
gmx rdf -s md.tpr -f md_1.xtc -tu ns -o rdf.xvg -cn rdf-cn.xvg
echo -e '27\n30\n'| gmx rdf -s md.tpr -f md_1.xtc -n ../index.ndx -o -cn -b 80000
# rerun 重跑能量
gmx grompp -f md.mdp -n -c ./nvt/nvt.gro -p topol.top -o ./energy/energy.tpr -po ./energy/energy.mdp
gmx mdrun -v -rerun ./md/md.trr -deffnm ./energy/energy
gmx energy -s energy.tpr -f energy.edr -o ene-HAP-Cal.xvg
awk '! {if ($2 ~ /^[0-9]/ && \
$2 < min) min = $2} END {print min}' surf-NH2.gro
awk '!/^(#|@)/ {ecc = 1 - (($2 + $3 + $4 ) / 3) / $1; print $0 " " res}' moi.xvg
awk '!/^(#|@)/ {ecc = 1 - (($2 + $3 + $4 ) / 3) / $2; print $0 " " ecc}' moi.xvg > tt
export PATH=/home/dila/soft/gawk/bin:$PATH
awk 'BEGIN {FIELDWIDTHS="36 8"; min = 100} {if ($2 ~ / [0-9]/) print $2}' ptw1.gro
awk '!/^(#|@)/ { print $0 " "}' Mtot.xvg > tt
awk '!/^(#|@)/ {cos = $4 / $5; print $0 " " cos}' Mtot.xvg
VMD
atomselect 0 {protein within 3.5 of resname SDM SEM SAM SBM}
atomselect0 writepdb connect_res.pdb
set aid [atomselect 0 same residue as {protein within 3.5 of {resname SDM SEM SAM SBM}}]
$aid get resid > tt
FAD分析
gmx make_ndx -f ./md/md.gro -n
echo 0 | gmx trjconv -s md.tpr -f md.trr -o md.xtc -pbc mol -ur compact -skip 3
echo 26 | gmx dipoles -s *.tpr -f *.xtc -n
gmx grompp -f energy.mdp -n -c ./nvt/nvt.gro -p topol.top -o ./energy/energy.tpr -po ./energy/energy.mdp
gmx mdrun -v -rerun ./md/md.trr -deffnm ./energy/energy $logogram3
gmx energy -s energy.tpr -f energy.edr
gmx distance -s md.tpr -f md.xtc -oxyz -tu ns -n -select "[0,0,1.520] plus group 27"