Pymol 计算蛋白质静电势，渲染导出动画

· 2022-06-08 · # pymol

安装Pymol开源版

参考：https://blog.csdn.net/weixin_45564533/article/details/115671036

conda install -c conda-forge pymol-open-source

无语了，开源版没计算的工具，卸载吧

conda uninstall pymol-open-source

安装非开源版Pymol

https://anaconda.org/schrodinger/pymol

conda install -c schrodinger pymol

申请教育用户证书，我已经申请过了，点连接下载，输入密码，下载2.0版本的
Thank you for your interest in PyMOL.
DOWNLOAD URL: https://pymol.org/ep
USERNAME: jun2021
PASSWORD: betabarrel

或者直接点下面的连接
PyMOL 2.0 (September 2017)
License File: pymol-edu-license.lic

然后导入

搞定

画静电势

导入蛋白质，点plugin---apbs---run，无脑下一步

完成后就这样

渲染导出保存图片和视频

# 设置背景为白色
bg_color white
# 所有的图片都能保存为PNG格式，通过"png"命令或"File"菜单的"Export Image As"选项。图片通常被保存为和viewer 窗口一样的大小：
ray
cd desktop
png my_image.png
# 或者通过下面的命令可改变图片大小：语法 ray width,height
# 宽和高都必须是整数，它们的默认是零或当前窗口大小
# 例如 ray 1024,480
# 更多关于ray的信息通过命令“help ray”获得。

渲染视频

mset 1 x120               #定义动画
util.mroll 1,120,1         #mdo命令创建旋转360度的120帧动画

点击播放图标即可预览

大功告成

渲染出来的视频.mp4